La denominazione di Comune di Margherita di Savoia risale al 1879, quando il paese ottenne l'utonomia amministrativa rispetto al territorio comunale di Barletta.

Infatti, all'inizio del XIV secolo, le famiglie dei salinari, per sfuggire all'aria appestata della palude e alle incursioni saracene, si rifugiarono alla periferia di Barletta e, da allora in poi, anche quando ritornarono al luogo d'origine, verso il Seicento, dipesero da questa città, tanto da chiamare il villaggio con il nome di Salina di Barletta.

Altre denominazioni assunte nel tempo sono: Salinis in età romana, Sancta Maria de Salinis in epoca medioevale, Saline di Barletta dal 1700 fino al 1879 ed in ultimo Margherita di Savoia in onore della prima regina d'Italia.

Attualmente la località salinara conta circa 13.000 abitanti e la sua economia di basa sul turismo, le saline, le terme, la pesca e l'agricoltura.

Numerosi personaggi hanno segnato la vita della cittadina: Annibale, Strabone, Federico II di Svevia, Pietro Giannone, Luigi Vanvitelli, sono solo alcuni dei nomi che hanno dato lustro alla località.